クマだけど、中身はとっても紳士。英国のユーモアにあふれ、エリザベス女王ともお友達。悪には毅然と立ち向かい、その小さな身体で全世界を愛と幸せで満たすパディントンが遂に帰ってくる！ロンドンでブラウン一家と平和に暮らしていたパディントンのもとに、故郷から1通の手紙が届く。育ての親のルーシーおばさんの元気がないというのだ。パディントンとブラウン一家がペルーへ行くと、ルーシーおばさんは失踪、里帰りは一転、彼女を探す冒険へと変わる。だが、都会暮らしになれてしまい野生の勘を失ったパディントンは次々と大ピンチに遭遇、さらにブラウン一家との家族の絆も試される。果たしてルーシーおばさんを見つけることができるのか？
そして、パディントンを待ち受ける「消えた黄金郷の秘密」とは？